Samo nastrojenie gitary nie daje gwarancji, że instrument będzie stroił prawidłowo. Dobre strojenie to przede wszystkim dokładne ustalenie długości czynnej strun, zwane często menzurą.
Każda struna posiada mniejsze lub większe wady, takie jak różnice grubości, przekroju, chropowatości powierzchni, czy inne. Wady te przyczyniają się do złego strojenia struny w poszczególnych pozycjach. Każda struna wymaga innych ustawień, gdyż rzeczywista długość czynna danej struny musi się niestety różnić od długości wyliczonej teoretycznie.
Struny wiolinowe posiadają krótszą długość czynną, natomiast struny basowe dłuższą. Warto tu wspomnieć, iż menzura strun basowych jest trudniejsza do ustawienia, gdyż niedokładne nawinięcie ich oplotu wprowadza dodatkowe nierównomierności w grubości strun na całej długości.
Ustalenie menzury można najprościej przeprowadzić porównując wysokość dźwięku struny pustej z dźwiękiem tej struny uzyskanym przy skróceniu jej na 12 progu. Dźwięk na progu 12 powinien być oczywiście o oktawę wyższy od poprzedniego. Sama regulacja polega na delikatnym przesuwaniu siodełka danej struny wzdłuż osi struny.
Jeśli dźwięk struny na 12 progu jest wyższy niż oktawa struny pustej, to siodełko należy przesunąć bliżej tylnej części mostka (zwiększając tym samym długość czynną struny). Gdy dźwięk na 12 progu jest niższy niż oktawa struny pustej, to postępujemy odwrotnie, czyli zmniejszamy długość czynną struny przesuwając siodełko bliżej przetwornika i szyjki.
Regulacje najlepiej wykonać z wykorzystaniem tunera, który może tu bardzo pomóc. Aby ułatwić sobie pracę warto zamiast pustej struny wydobyć flażolet naturalny nad 12 progiem. Dzięki temu uzyskamy dźwięk o oktawę wyższy od dźwięku struny pustej, jednak nadal będzie to dźwięk pustej struny, a nie skróconej na progu 12.
Każdy nowy komplet strun wymaga ponownych ustawień. Jeśli pomimo zastosowania kilku różnych nowych kompletów strun menzury nie da się tak ustawić, aby gitara prawidłowo stroiła w różnych pozycjach, oznacza to niestety, iż progi nie są wystarczająco dokładnie nabite.
Raz ustalona długość czynna struny powinna być co jakiś czas dodatkowo korygowana, gdyż właściwości struny zmieniają się w trakcie eksploatacji.
